肺炎是一種常見的下呼吸道感染疾病。在台灣，它是十大死因之一，造成了人們嚴重的健康問題。肺炎的常見症狀有發燒、咳嗽、咳痰、胸痛、呼吸急促、疲倦和身體不適等。這些症狀的嚴重程度可能因病原體的種類和感染的部位而有所不同，也可能和病人原本的疾病有所關聯；免疫低下的病人得到肺炎的話，其診治困難度和疾病的嚴重度也會隨之上升。肺炎的致病源可能是細菌、病毒或真菌。一般而言，大部分是細菌感染。然而，2019年全球爆發的COVID-19病毒也造成人類大規模的肺部感染，造成極大的傷亡且重創全球的經濟。醫師在診治肺炎時要先進行詳細的病史詢問再作身體檢查。根據判斷的需求，可能會安排胸部X光、血液檢查及痰液培養，然後給予抗生素治療。

痰液培養可以讓醫師知道病人被何者菌種感染，不過通常需要5到7天的時間才能得知細菌培養的結果。另外，亦非每次細菌培養都能得到答案；例如細菌在離開人體即死亡、病原體在體外困難培養或是菌種位於困難取得部位等原因。由於上述情形，臨床上必須在診斷肺炎後先給予經驗性抗生素，然後在5到7天後根據培養結果和臨床狀況再調整抗生素。

在肺炎重症的病人，抗生素的調整必需更加積極快速，對於「病原體為何」這個問題的答案也更加迫切。因此，科學家發展出了「肺炎菌種的快速分子鑑定」的新技術。快速分子鑑定的方法主要基於菌種基因片斷的檢測，並利用這些生物分子的特定序列來識別病原體。其中一種常見的方法是聚合酶鏈反應(Polymerase Chain Reaction，PCR)，它可以擴增病原體的特定基因片段，接著進行序列分析以確定其菌種。這種方法可以快速且準確地鑑定病原體，並且可以同時檢測多種菌種，告知可能的抗藥性基因，從而幫助醫師選擇合適的治療方法。快速分子鑑定的優勢在於它的快速性和準確性。相比傳統的細菌培養和鑑定，快速分子鑑定可以在幾個小時內提供臨床端判讀結果，從而節省時間並促進更即時的治療，使抗生素的使用更為精準快速。此外，快速分子鑑定還可以檢測到一些傳統方法可能難以檢測到的病原體，提高了檢測的靈敏度和特異性。但是快速分子鑑定方法的成本相對較高，需要專業的設備和培訓有經驗的操作人員。由於菌株的遺傳變異性，檢測方法也需要不斷更新和改進。

快速分子鑑定技術在臨床應用上仍然有許多值得注意的問題，其中最重要的是結果的解讀。由於快速分子鑑定方法生成的結果通常是基於基因序列分析，這需要專業人員對結果進行解讀和分析，以排除污染菌種(也就是非致病菌)的可能。此外，結果的報告也需要仔細記錄和傳達給醫療團隊，才能確保正確的臨床應用。總結來說，快速分子鑑定技術對於快速且準確地鑑定病原體提供了莫大的幫忙，然而由於其較高的費用和判讀能力需求，因此在臨床上仍需謹慎使用。

目前高醫已引進最具公信力的BioFire® FilmArray®肺炎組套，加速肺炎菌種的快速鑑定，期待能給肺炎重症病人更快速、更精準的抗生素治療。

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