本部於民國46年正式成立，現行組織架構設有門急診調劑組、住院暨無菌調劑組、臨床藥學組、藥品管理組、藥事行政組及中藥組，負責本院病人之門診、急診及住院所需之藥品調劑、特殊製劑調配、藥品管理、藥物諮詢服務、臨床藥學服務、醫院藥學之學術研究、交流及實習生之指導及教學等業務。藥學部藥師們秉持提供以病人為中心的全人照護、確保病人用藥安全的核心目標，期能成為一流藥事服務與教學研究中心。