臨床教育訓練部設立於民國七十九年十二月一日，配合醫學教育改革，目前共設有醫師訓練中心、醫事訓練中心、教師培育暨教學資源中心、實證醫學中心、臨床技能中心、圖書室及教材室等五個中心、二個子單位。

本部歷經余幸司教授、陳順勝教授、黃宗人教授、鐘育志教授、黃裕勝副教授、莊萬龍教授、顏正賢教授、黃尚志教授、蔡哲嘉教授及李維哲等十位前部主任，在歷任部主任以及各室中心主任的辛苦耕耘下，各項業務的推動已朝向常規化與制度化邁進，為本部奠定良好基礎。目前臨床教育訓練部部主任為陳正生主任，副部主任為李智雄主任及沈靜茹主任，以下各單位均設有主任一名，專責行政人員共16名。

本院於2010年通過全國高階OSCE國家考場認證，手術技能中心於2011年7月通過GTP10015國際認證及ISO9001認證，本部亦於2011年12月順利通過ISO9001認證。近年來，醫療教育及教學評鑑不斷的改革，而這些改革措施都將嚴重衝擊到所有教學醫院，面對新挑戰，如何讓本院的醫師、醫學生和醫事人員更有競爭力，我們將竭盡所能和院內同仁共同努力，我們深切的期望在既有的基礎上融新匯舊，向上提升，朝著作為全國教學品質第一流醫學中心的目標邁進。