高醫胸腔內科成立於民國74年8月1日，屬內科部次分科之一。​本科為台灣胸腔暨重症加護醫學會認可之胸腔暨重症專科訓練機構。主治醫師均為胸腔暨重症加護專科醫師，提供最完善之醫療服務、教學及研究。
 
本科有六個單位：
一、胸腔內科病房(啟川大樓16ES、14EN)：提供胸腔內科病友之住院需求。
 

二、內科加護病房(啟川大樓15ES)：提供內科重症病人之完善照護。
 

三、呼吸照護中心(A棟9樓)：配合健保全民健康保險山地離島地區醫療給付效益提昇計畫(IDS)提供重症單位下轉穩定但仍須使用呼吸器之病患,訓練脫離呼吸器。

四、呼吸治療室(啟川大樓15EN)：由訓練有素之呼吸治療人員，提供門診及全院之呼吸治療服務。
 

五、支氣管鏡室(A棟9樓)：備有各型之支氣管鏡，包括電子式支氣管鏡，可立即顯像教學並可早期診斷和治療氣管 及肺內之病變，亦可施行支氣管鏡經皮氣切術。
 

六、肺功能室(啟川大樓3F)：使用全套電腦肺功能檢查儀器，除一般之肺量計及全肺量計外，亦可做一氧化碳擴散測驗、呼吸道阻力、支氣管誘發測試、睡眠呼吸檢查及運動肺功能。

檢查項目：

診治各類胸腔及呼吸道疾病(如：肺癌、肺炎、肺結核、氣喘、慢性阻塞性肺疾病、支氣管擴張症、急性或慢性呼吸衰竭）、肺部復健，提供最全面、最專業之服務。