本部成立於民國四十六年十月，在南部地區是很早期就成立且著名之耳鼻喉醫學專科。除了為南部民眾提供專業且高品質的耳鼻喉疾患醫療外，一直以來本部也擔負起是醫治頭頸部腫瘤或癌症病患的使命。 除了附設醫院門診、病房常規服務外，本部亦負責市立小港、市立大同醫院、市立旗津醫院、部立屏東及部立旗山醫院之耳鼻喉醫療業務。也積極支援偏遠地區如山地原住民醫療服務、另與特定區域教學醫院等建教合作。亦熱心投入各種社區篩檢、義診及口腔癌防治推廣等服務工作。

　　本部設備新穎完善，包括耳鼻喉顯微手術器械，一般及特殊聽力檢查儀、電位反應聽檢儀、耳前庭平衡功能檢查儀、鼻纖維檢直視鏡及鼻竇鏡、鼻通氣檢查儀、術中喉返神經及顏面神經監測系統、達文西手術、喉頻閃錄影及數位式音聲分析儀、硬性及纖維喉、氣管、食道內視鏡、半導體光纖雷射以及檢查發聲的發音功能測定儀等，以供教學、治療及研究用。