本院牙科部於90學年度因醫療業務的需求由牙科擴充成為牙科部，目前共設有10個臨床科及位於中山一路的牙科門診部，屬醫學中心之牙科部，故負有其特殊責任與義務。特殊責任為教學、研究，義務則為醫療服務。在服務方面，因應社會環境的特殊要求而設有下列特別門診：

1. 特殊需求者牙科（含老年、兒童與身心障礙者）
2. 人工植牙特別門診
3. 顱顎關節疾病特別門診
4. 口腔病理特別門診(含放治化療口腔保健特診、口腔內科特診)
5. 數位化牙科特別門診
6. 睡眠呼吸中止症手術特診 

將來還要擴大的服務範圍有：

1. 器官移植病患口腔照護特別門診
2. 口腔粘膜疾患特別門診
3. 國際醫療口腔照護特別門診