小兒部創立於1957年7月，由邱文雄醫師擔任首任主任。病房於本校舊紅瓦第二棟教室，門診租用於本市新興區六合一路民房。1958年馬逸輝醫師擔任第二任主任，開創之初，備極辛苦，無次分科，只有馬逸輝醫師及陳添享醫師兩人扛起所有工作，由於學術及醫術精進，備受當時醫療院所擁戴。1960年江季勛醫師與黃德揚醫師相繼加入本科行列。1960年10月病房由與內科共用之病房遷入東側門外小兒部獨立病房，從此小兒部擁有本部病房，全部的運作更加順利。
1961年，當時主任馬逸輝醫師鑑於次專科之重要性，責成科內同仁職司各次專科之臨床服務與教學。馬逸輝醫師負責小兒腎臟學，輸液電解質及小兒腸胃學、陳添享醫師負責小兒血液及腫瘤學、黃德揚醫師負責小兒心臟學及小兒胸腔學、和江季勛醫師負責小兒神經學及傳染病學。之後又有陳弘基醫師負責小兒腸胃學及肝臟學。1968年起呂志忠醫師受派負責新生兒學。雖有次專科之實卻無次專科之名。到了1986年9月1日由當時主任陳添享醫師規劃，正式成立次專科。首任次專科主任如下：小兒心肺科黃德揚醫師、小兒神經科江季勛醫師、小兒一般科劉文章醫師、新生兒科呂志忠醫師、和小兒血液腫瘤科張泰琮醫師。
1998年10月本院接受高雄市政府委託開始經營市立小港醫院，本科亦銜命在該院創設小兒科，由柯芳蓉醫師擔任主任，率領黃麗瑛醫師和陳秀玲醫師兩人前往拓荒。歷經戴任恭主任、邱世欣主任、施相宏主任和洪志興主任領導，提供該地區民眾高品質的醫療服務，成就卓越，深受讚譽。2010年起高雄市政府委託本院經營市立大同醫院。2014年起高雄市政府委託本院經營市立旗津醫院，開設小兒科門診以提供該地區民眾醫學中心等級之醫療服務。
本部發展至今，倚賴各任主任睿智領導，又有諸位先鋒前輩開疆闢土、努力提攜後進，加上全部同仁群策群力、齊心協力為病人服務，由一開始簡陋的設備，逐漸成立各次專科及專門特殊病房，規模逐漸趨近成熟而完備。本部醫師陣容龐大，是南台灣擁有最多兒童次專科醫師之小兒部重鎮。各次專科的主治醫師學有專精，大多接受國外著名院所之次專科臨床訓練，並擔任國內小兒次專科醫學會重要職務。本部亦肩負訓練優秀小兒醫護人才之責任，提供各種機會安排同仁前往國內外著名各大學及醫院進修，吸收最新醫療經驗，進而提升各次專門科之學術地位及醫療服務水準。本部期許具有國際水準的醫療品質，以臻至真、善、美之境地。
我們的發展之理念及目標如下:
(一) 提升小兒部之醫療水準
- 加強醫護團隊之學術、倫理、道德素養及臨床訓練，及對學生之教學和經驗傳承。
- 積極提供全方位醫療照顧及尖端治療方式，並規劃部內醫護人員至國內外先進醫療中心進修。
(二) 充實實驗室規模，與其他院內外實驗室合作，加強研究實力
- 繼續現有海洋性貧血症基因分析之檢查，並深入研究，以其發現新的基因突變型。
- 針對兒童癌症疾病，增加相關基因之檢測，建立資料庫分析，做為預後及治療計畫之參考。
- 以分子生物為出發點，結合臨床與基礎研究，以期作出最有效的貢獻。
(三) 積極尋求策略聯盟醫院，支援各次專科需求，培養所需人才，建立緊密的互動關係。
(四) 建立高屏地區最完善全方位能照顧小兒重症之醫療體系。
(五) 建立高屏地區最完善全方位能照顧小兒急症之醫療體系。
我們希望培訓更多專業人才，提升醫療服務層次，讓純真的兒童擁有更美好的未來。
