新生兒科專門照顧出生一個月以內的新生嬰兒、低出生體重兒、及早產兒，並配合本院婦產科之照會，對高危險性新生兒及時施行產房內急救及轉送之照顧。另外，新生兒科自2000年起開始負責高高屏地區周產期醫療網之「重症新生兒轉診」服務，並肩負從事優生保健之新生兒篩檢工作及特殊疾病之預防及研究。

新生兒科之醫療業務包括：嬰兒室，照顧本院出生之新生兒，負責新生兒篩檢，預防注射、和衛生教育。

一般住院病房之新生兒

新生兒加護病房，包含小兒加護病房之新生兒。負責重症新生兒之照護和緊急病況之急救。新生兒加護室具有各式生命功能監視儀器與設備，由接受專業訓練之醫護人員專職照顧。

重症新生兒外接服務，對於院外婦產科院所之重症新生兒，提供24小時外接服務。轉診小組包括醫師、護理師、和移動式保溫箱等急救設備。

新生兒中重度病房 ， 照護足月出生四個月內或早於35週出生之早產兒出生後矯正年齡五個月內之嬰兒因疾病而需特別觀察治療者，或因早產需要特別養育者。病嬰來源為本院產房出生、嬰兒室、門診、急診及外院轉診之新生兒及嬰兒。

新生兒一般門診

早產兒追蹤特別門診

健兒門診，負責幼兒各種預防注射、兒童預防保健服務(含衛教指導)和身體檢查。