新生兒科專門照顧出生一個月內的新生嬰兒、低出生體重兒及早產兒，並配合本院婦產科之照會，對高危險妊娠之新生兒即時施行產房內急救及轉送之照顧。另外，新生兒科自2000年起開始負責高高屏地區周產期醫療網之「重症新生兒轉診」服務，並肩負從事優生保健之新生兒篩檢工作及特殊疾病之預防及研究。

新生兒科之醫療業務包括：新生兒加護室、新生兒中重度病房與嬰兒室，並負責新生兒篩檢、預防注射與新生兒衛生教育。

新生兒加護室：負責重症新生兒之照護和緊急病況之急救，備有各式生命功能監視儀器與設備，由接受專業訓練之醫護人員專職照顧。另對於院外婦幼院所之重症新生兒，提供24小時全天候之重症新生兒外接轉診服務，外接轉診小組包括兒科醫師、護理師與移動式保溫箱等急救設備。

新生兒中重度病房：負責照護足月出生四個月內或早產兒出生後矯正年齡五個月內之嬰兒，因疾病而需特別觀察治療者，或因早產而需特別照護者，住院嬰兒來源包含本院產房或開刀房出生、嬰兒室、兒科門診、兒科急診及外院轉診之新生兒及嬰兒。

新生兒科門診：包含新生兒一般門診、早產兒追蹤特別門診與健兒門診，提供幼兒各項預防注射、兒童預防保健服務(含衛教指導)與身體檢查。