嬰幼兒及兒童並非只是成人比例的縮小，而是具有特殊之生理及病理，因此治療嬰幼兒及兒童之外科疾病，必須同時兼具外科及小兒科之知識，才能達成理想之治療效果，本院至民國六十五年成立小兒外科次專科後，對於嬰幼兒及兒童之治療成績即見顯著進步。近年來由於全靜脈營養和呼吸器之進步，加護照顧及監視器材之改良，以及手術方法之創新，使得一些以前毫無生機的幼兒及兒童病患，尤其罹患先天畸形之新生兒，大都能得到適當的醫療，治療成績已不遜於國內外各大醫院。較具特色的手術技術，例如以改良式經後矢正中直腸肛門成形術治療高位肛門閉鎖症，經直腸下拉吻合術來治療先天性巨結腸症，以及穿經肋膜而肋膜後引流法來治療食道閉鎖症等多項為本科獨創。
小兒外科診治的對象從新生兒到十八歲以下的孩童。我們對於病患的照顧是全面性的照顧及全人照護的服務，並著重於現有手術方式的改良及新手術方法的發展和引進，例如：
1.發展兒童微創手術.(例如無肛症及巨結腸症…皆以腹腔鏡執行,其他各種腹部手術均採用微創手術)。
2.以口腔黏膜來重建複雜性的尿道下裂。
3.經由肚臍手術治療幽門肥大，由於傷口在肚臍，因此外表上看不出來。
4.利用超音波治療腸套疊，小兒外科醫師執行超音波定位復位術, 成功率高。改善傳統上嬰兒必須暴露在X光 下的缺點。
5.利用注射硬化劑來治療淋巴水瘤，免除手術的刀疤。
6.引進最先進的納氏漏斗胸療法。
7.發展高階小兒腹腔鏡手術。