小兒加護室創設於1984年12月，於1994年8月遷移至五樓C棟擴充為11床。於2003年9月起，配合全院政策，開始實行南台灣首創且唯一之全天候專責主治醫師制度。於2004年7月1日啟用新穎配備共有15床的小兒加護室。小兒加護室設有新穎呼吸器、心臟去顫器、心跳及血壓生命徵象監視器、和血氧濃度監視器，且備有與世界一流大學醫院同步之一氧化氮呼吸器、Swan ganz順流導管術、兒童血液透析機、表面張力素治療、和心臟節律器等現代化設備。所有醫護人員均具有專業小兒重症照護訓練。小兒加護室歷年來擔負起重症病童之專門照護，成效斐然，深獲南台灣醫界好評，堪稱南台灣兒童重症照護之重鎮。