小兒心肺科於1986年9月正式成立，負責各種先天及後天之心臟疾病及呼吸系統疾病、和小兒加護病房重症病人之診療。並且肩負小兒心臟科和小兒胸腔科醫師訓練和研究工作。

目前兒童心臟病檢查包括：

心電圖、胸部X光檢查、連續性24小時心電圖紀錄、和心臟節律器。

心臟超音波檢查，包括實質雙相、杜卜勒彩色超音波、食道超音波、及美國飛立普EPIQ-7C型3D立體即時彩色心臟超音波。

心導管術、心臟血管攝影術、和心臟電氣生理檢查。除了提供血行力學變化和解剖學構造病變之外，能同時在心導管室內進行介入性心導管術以治療特殊疾病。例如肺動脈瓣膜狹窄及主動脈縮窄之氣球導管擴張術、 以封堵器阻塞開放性動脈導管、以氣球血管擴張術後再放置血管內支架治療雙側性週邊肺動脈狹窄， 及肺動脈瓣置換。

兒童呼吸道疾病方面之檢查包括：

胸部X光檢查、肺部超音波檢查、和胸部電腦斷層及核磁共振檢查。

肺功能檢查，包括幼兒專用肺功能檢查。

小兒軟式氣管鏡檢查。具有Olympus 2.8mm及4.9mm軟式支氣管鏡，除了檢查之外並可由支氣管鏡沖洗，提供呼吸道病人更精確及直接之診斷和處置。