小兒心肺科於1986年9月正式成立，負責各種先天及後天之心臟疾病及呼吸系統疾病、和小兒加護病房重症病人之診療。並且肩負小兒心臟科和小兒胸腔科醫師訓練和研究工作。

目前兒童心臟病檢查分為三大類，包括：

1. 心電圖、胸部X光檢查、連續性24小時心電圖紀錄、和心臟節律器。
2. 心臟超音波檢查，包括實質雙相、杜卜勒彩色超音波、食道超音波、及美國飛立普7500型3D立體即時彩色心臟超音波。
3. 心導管術、心臟血管攝影術、和心臟電氣生理檢查。除了提供血行力學變化和解剖學構造病變之外，能同時在心導管室內進行介入性心導管術以治療特殊疾病。例如肺動脈瓣膜狹窄及主動脈縮窄之氣球導管擴張術、 以coil阻塞開放性動脈導管、以氣球血管擴張術後再放置血管內支架治療雙側性週邊肺動脈狹窄。

兒童呼吸道疾病方面之檢查及服務，包括：

1. 胸部X光檢查、肺部超音波檢查、和胸部電腦斷層及核磁共振檢查。
2. 肺功能檢查，包括幼兒專用肺功能檢查。
3. 呼吸治療，具有新式人工呼吸器，例如Siemens Servo 300A Ventilator能讓病人同時吸入氧氣及一氧化氮，以治療呼吸道缺氧疾病及肺高血壓。
4. 小兒軟式氣管鏡檢查。具有Olympus 2.2mm及3.5mm軟式支氣管鏡，除了檢查之外並可由支氣管鏡沖洗，提供呼吸道病人更精確及直接之診斷和處置。